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Sortie de Bio7 3.6 | R-blogueurs

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17.03.2026

Une nouvelle version de Bio7 est disponible. L’application Bio7 est un environnement de développement intégré gratuit et open source pour la modélisation écologique, l’analyse d’images scientifiques et l’analyse statistique. Outre d’autres outils de programmation, il contient un environnement de développement complet pour R avec un éditeur R avancé, des outils de développement R et des interfaces pour effectuer une analyse scientifique d’images avec R et l’application ImageJ intégrée.

Bio7 sur MacOSX avec le « Thème sombre » activé montrant un exemple du package Spatstat. Plusieurs tracés sont affichés dans la vue ImageJ sous forme de pile d’images.

Nouvelles fonctionnalités :

  • Bio7 3.6 est basé sur la cible Eclipse 4.39 (2026-03)
  • Livré avec Java OpenJDK 25 (Adoptium)
  • Bio7 est désormais également disponible sous forme d’architecture Linux (par exemple, pour Rasberry PI)
  • Built System est désormais basé sur Tycho Maven et l’application peut être construite à partir d’un seul référentiel
  • Construit peut désormais être automatisé avec un système intégré CI
  • Construit est désormais basé sur une définition de cible Eclipse

Java

  • Le compilateur dynamique Java prend désormais en charge la compilation Java 25
  • Le JDK est fourni avec JavaScript Nashorn 15.3

ImageJ

  • Plugin ImageJ mis à jour vers la version 1.54s13

Général

  • Groovy mis à jour vers la version 5.01
  • Plugin Texclipse mis à jour
  • Ajout du plugin Eclipse TM Terminal pour une prise en charge complète du terminal
  • Ajout d’une nouvelle API simple pour démarrer le terminal TM par programme avec des commandes
  • Ajout d’un nouveau script d’installation Rserve
  • Modification des scripts d’importation R GIS à l’aide de la bibliothèque Terra
  • Visuels du thème sombre améliorés
  • Mise à jour et ajout de tous les nouveaux widgets Nebula SWT disponibles
  • JOGL mis à jour (Java OpenGL)
  • Bibliothèques Java mises à jour. Ajout de nouvelles bibliothèques (bibliothèque JOML)
  • Mise à jour des natifs SSH Windows.
  • Correction de plusieurs fuites de ressources SWT
  • Ajout de plusieurs sites de mise à jour par défaut pour les plugins Eclipse populaires utiles pour Bio7 (PyDev, WindowBuilder, EGit).
  • Suppression de JavaFX et du plugin JavavFX SceneBuilder de la plateforme

Téléchargement et installation :

Fenêtres

Téléchargez simplement le fichier de distribution *.zip à partir des versions Bio7 Github et décompressez-le à votre emplacement préféré (évitez les espaces dans le chemin !). Bio7 est fourni avec Java Adoptium et fonctionne immédiatement. R et Rserve ne sont plus groupés (depuis Bio7 3.6) par défaut !

Téléchargez et installez R et ajustez le chemin R dans les préférences Bio7 (facultatif également le chemin des packages R par défaut) :

Chemin du menu : Préférences->Préférences Bio7->Préférences R

(1) Le chemin vers R. (2) Le chemin où les nouveaux packages R seront installés. Les chemins par défaut sous Windows sont donnés et affichés et pointent vers une installation locale de Bio7.

Installez le package Rserve dans R. Pour l’installation de Rserve, vous pouvez également exécuter un script Groovy dans la vue R-Shell après l’installation de R (démarrez R dans la console Bio7).

(1) Démarrez R dans la console Bio7. (2) Exécutez le script de « téléchargement et d’installation » de Groovy Rserve pour toutes les plates-formes prises en charge. (3) Enfin, démarrez Rserve dans R.

Linux

Téléchargez et extrayez le fichier d’installation à partir des versions Bio7 Github. Bio7 est fourni avec Java (Adoptium).
Veuillez noter que vous devez démarrer Bio7 avec Xorg (Serveur d’affichage X) à cause de SWT_AWT qui est utilisé par ImageJ.
Pour Linux, vous devez installer R et une version compilée spéciale de Rserve. Le chemin par défaut du système d’exploitation vers R est utilisé automatiquement s’il n’est pas défini (comme dans Windows) dans les préférences.
Exécutez simplement un script Groovy disponible dans la vue R-Shell (voir les notes Windows ci-dessus).
Pour installer Rserve manuellement, démarrez la console R et collez la commande suivante, voir :

MacOSX

Téléchargez et extrayez le fichier d’installation à partir des versions Bio7 Github. Bio7 est fourni avec Java (Adoptium).
Pour MacOSX, vous devez installer R et une version compilée spéciale de Rserve. Le chemin par défaut du système d’exploitation vers R est utilisé automatiquement s’il n’est pas défini (comme dans Windows) dans les préférences.
Exécutez simplement un script Groovy disponible dans la vue R-Shell (voir les notes Windows ci-dessus).
Pour installer Rserve manuellement, démarrez la console R et collez la commande suivante, voir :

Pour démarrer Bio7 (non signé) sur MacOSX

Pour démarrer Bio7 après l’installation, veuillez suivre ces conseils (signez l’application localement) :

Documentation Bio7

Pour plus d’informations sur Bio7, veuillez consulter le guide de l’utilisateur Bio7 bientôt mis à jour.

Une multitude de didacticiels vidéo Bio7 pour une introduction peuvent être trouvés sur YouTube.

Remerciements

Un merci spécial à Matthias Mailander pour la création d’un Tycho Maven construit pour Bio7 qui permet de construire facilement Bio7 pour différentes plateformes.


PakarPBN

A Private Blog Network (PBN) is a collection of websites that are controlled by a single individual or organization and used primarily to build backlinks to a “money site” in order to influence its ranking in search engines such as Google. The core idea behind a PBN is based on the importance of backlinks in Google’s ranking algorithm. Since Google views backlinks as signals of authority and trust, some website owners attempt to artificially create these signals through a controlled network of sites.

In a typical PBN setup, the owner acquires expired or aged domains that already have existing authority, backlinks, and history. These domains are rebuilt with new content and hosted separately, often using different IP addresses, hosting providers, themes, and ownership details to make them appear unrelated. Within the content published on these sites, links are strategically placed that point to the main website the owner wants to rank higher. By doing this, the owner attempts to pass link equity (also known as “link juice”) from the PBN sites to the target website.

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